Señoras y señores: Glenn Gould [y Bach]

[¿Que qué es acariciar el teclado? | BWV 828 | Allemande]

Arqueología de disco duro: POV-Ray

Lo recuerdo perfectamente: aunque empecé en el mundo del ray-tracing y de los gráficos 3D por ordenador con Polyray (renderizar una esfera con textura que se reflejaba sobre una superficie ondulada podía resultar cuestión de horas), un buen día nos dimos cuenta que POV-Ray se había convertido en el amo de ese universo de software gratuito pero excepcional, que arrancaba al álgebra resultados visualmente espectaculares, y que cautivó a miles de personas en el mundo hasta dejarnos las pestañas escribiendo en un lenguaje descriptivo (prácticamente de programación) las escenas a representar. Casi éramos usuarios pioneros tanto de los gráficos por ordenador como de Internet (bajar POV-Ray para grabarlo en un puñado de diskettes era dejar el ordenador conectado al modem telefónico toda la tarde).

Disfrutamos durante años (y muchos lo siguen haciendo) oleada tras oleada de mejoras y actualizaciones, y esperábamos ansiosos los parches que algunos tíos verdaderamente espabilados iban construyendo al margen de las versiones oficiales para poder fabricar imágenes cada vez más complejas y más alejadas de las famosas y primitivas esferas sobre tableros de ajedrez. Era tal la afición que algunas de las revistas de informática de aquellos años traían suplementos dedicados al tema.

Y lo mejor: fascinado por el misterio de cómo podían crearse en la pantalla de un ordenador esas imágenes que salían de no sabía dónde, hace algo menos de diez años decidí (y conseguí hace no mucho) hacerme ingeniero informático.

Poco a poco he ido variando el interés hacia otros campos, aunque sin abandonar el primitivo anclaje que, desde crío, siempre he tenido por la fotografía y la imagen. Y revisando hace unos días, precisamente, los archivos de imágenes más antiguas de uno de mis discos duros me topé con los ficheros que te adjunto. Si no recuerdo mal, las imágenes estaban hechas con las opciones de iso-superficies de POV-Ray (creo que era una versión hackeada de POV-Ray la que incluía estas opciones, y que luego se integró en el software principal).

En la web de POV-Ray encontrarás imágenes asombrosas. Las cosas (sobre todo el hardware) han cambiado bastante desde que lo usé por primera vez (realmente, incluso desde que lo usé por última vez). La prometida versión 4 todavía no ha llegado (deben llevar trabajando en ella más de 10 años), pero han aparecido multitud de versiones intermedias que van mejorando los resultados y la potencia del software. Además, sus desarrolladores han adquirido los derechos del modelador Moray, vinculado desde hace años a POV-Ray para facilitar su uso, y se atisban en el futuro versiones mucho más interesantes todavía.

Paisajes con esferas. Tiempos aquellos.

Señoras y señores: Pink Floyd

[Pink Floyd | The Wall -1979- | Comfortably Numb | De la película -1982-]



[Concierto en Londres -1994- | Casi no se echa de menos a Roger Waters]

Hello.Is there anybody in there?
Just nod if you can hear me.
Is there anyone home?

Come on, now.
I hear youre feeling down.
Well I can ease your pain,
Get you on your feet again.

Relax.
I need some information first.
Just the basic facts:
Can you show me where it hurts?

There is no pain, you are receding.
A distant ships smoke on the horizon.
You are only coming through in waves.
Your lips move but I cant hear what youre sayin.
When I was a child I had a fever.
My hands felt just like two balloons.
Now I got that feeling once again.
I cant explain, you would not understand.
This is not how I am.
I have become comfortably numb.

Ok.
Just a little pinprick. [ping]
Therell be no more --aaaaaahhhhh!
But you may feel a little sick.

Can you stand up?
I do believe its working. good.
Thatll keep you going for the show.
Come on its time to go.

There is no pain, you are receding.
A distant ships smoke on the horizon.
You are only coming through in waves.
Your lips move but I cant hear what youre sayin.
When I was a child I caught a fleeting glimpse,
Out of the corner of my eye.
I turned to look but it was gone.
I cannot put my finger on it now.
The child is grown, the dream is gone.
I have become comfortably numb.

[Pink Floyd no se entiende sin Roger Waters, pero Comfortably Numb no se entiende sin David Gilmour | La versión del Live 8, con Waters y Gilmour al alimón, no es la mejor, sobre todo con las voces]

On Air

[Avishai Cohen Trio | Seattle]
Una rapidita para acompañarte unos minutos. Si quieres.

El dogma central de la biología molecular: transcripción

En nuestra introducción al dogma central de la biología molecular, habíamos visto que los procesos fundamentales que lo definen son la transcripción (del ADN se obtiene el ARN mensajero, o ARNm) y la traducción (del ARNm se obtienen las proteínas), además de la replicación (del ADN se obtiene otra molécula idéntica). Veremos hoy con algo más de detenimiento el primero de ellos, refiriéndonos fundamentalmente en lo sucesivo al proceso de transcripción en eucariotas, es decir, organismos cuyas células cuentan con núcleo. El proceso en procariotas es, en general, más sencillo pero semejante. (Con los enlaces a la Wikipedia creo que puedes obtener un importante corpus de conocimiento sobre este tema.)

Recordemos que los segmentos o subsecuencias del ADN que sirven para obtener en última instancia los productos definitivos de la transcripción-traducción se denominan genes. Se calcula que el ser humano, como referencia, tiene unos veinticinco o treinta mil genes, cuyas secuencias vienen a suponer sólo un 5% del total del ADN. Pero la secuencia codificante (que codifica proteínas) de un gen no es continua, sino que se encuentra dividida en fragmentos (exones) separados por secuencias no codificantes (intrones). Ello significará, como veremos, trabajo extra para obtener el definitivo ARN mensajero.

Pues bien: tenemos a nuestro ADN habitando en el núcleo de la célula, mientras que las proteínas se fabrican en el citoplasma (en un futuro post sobre la traducción veremos que para esta actividad fabril se necesitan los ribosomas, que se sitúan, precisamente, por fuera del núcleo celular). Así que necesitamos un mecanismo de comunicación entre el ADN y los ribosomas, y que enlace, en definitiva, el núcleo con el citoplasma transportando la información. Este vehículo es el ARNm.

La obtención del ARNm es compleja y, permitidme, fantástica. Ya se apuntaba en la pasada introducción que las proteínas deben fabricarse en el sitio y en el momento en que se necesitan. Por lo tanto, la obtención del ARNm como primera actividad necesaria para obtener el producto génico final tiene que ser regulada o controlada, regulación que se denomina genéricamente control de la transcripción. Este control puede resultar favorecedor de la obtención de la proteína o bien de su inhibición, y es llevado a cabo por un conjunto de proteínas reguladoras que se denominan factores de transcripción. Si favorecen la obtención del producto génico se denominan activadores o inductores y se unen al ADN en subsecuencias de éste denominadas promotores; si dificultan la obtención de las proteínas se denominan represores, que se unen al ADN en sus subsecuencias denominadas operadores.Asumamos ahora que tenemos el conjunto necesario de activadores acoplado al correspondiente promotor de la cadena molde (cadena codificadora a traducir de las dos cadenas del ADN) de un determinado gen. En estas condiciones (cuya descripción más ampliada quizá merezca otro post), es factible la actuación de la enzima ARN polimerasa II. Esta se acopla al extremo 3’ de la secuencia promotor (gracias a una secuencia especial de nucleótidos en el ADN denominada caja TATA por sus cuatro nucleótidos iniciales) y conforma, junto con el resto de proteínas inductoras, el complejo básico, o de iniciación, de la transcripción. Tras una serie de reacciones químicas, la ARN polimerasa II empieza a recorrer la molécula de ADN separando a su paso las dos cadenas acopladas, aunque vuelven a unirse posteriormente. La secuencia de la cadena molde va dictando su transcripción, para la que se seleccionan los nucleótidos complementarios que se van enlazando en dirección 5’->3’ formando una nueva cadena de ARN transcrito. Se utilizan los mismos nucleótidos que los componentes del ADN, excepto la timina, que es sustituida por uracilo. Cuando la enzima alcance otra secuencia particular del ADN, la secuencia de terminación, significará la separación de este ARN transcrito, y la ARN polimerasa II habrá terminado su función. [La imagen es una micrografía de la transcripción de un gen, en la que se indican los extremos 3' -Begin- y 5' -End-, y se aprecian claramente las cadenas de ARN transcrito en crecimiento simultáneo, más cortas conforme más cerca se encuentran del origen, y prácticamente completas hacia el final. Imagen de Wikimedia]

Pero, como hemos anticipado, tenemos un ARN que incluye segmentos de la secuencia codificante (exones) entre segmentos de secuencias no codificantes (intrones). Este ARN se denomina ARN heterogéneo nuclear, o ARNhn, o también ARNpre-m, y debe ser modificado (madurado) antes de pasar al citoplasma para servir, a su vez, de molde en la fabricación de la correspondiente proteína. Las modificaciones consisten, básicamente, en la adición de secuencias protectoras y señalizantes en sus extremos (normalmente una caperuza en el extremo 5’ y una cola poli-adenina, o poli-A, en el extremo 3’), el corte de la secuencia para eliminar los intrones, y la posterior unión de los exones para formar la secuencia codificante definitiva (empalme o splicing). Estos últimos procesos de corte y empalme, también muy complejos, son realizados por un conjunto de proteínas y ARN denominado espliceosoma. Como seguro os habréis imaginado a estas alturas, los extremos iniciales y finales de los exones y de los intrones se caracterizan por determinadas secuencias de nucleótidos que son reconocidas por el espliceosoma. Y para acabar de complicar un poco más la cosa, para un mismo gen pueden existir diferentes formas de cortar y empalmar que den origen a diferentes productos génicos.

Y ya casi está. El ARN resultante de la maduración del ARNhn es el ARN mensajero o ARNm. La transcripción está completa. Tan sólo faltará que el ARNm pase del núcleo al citoplasma para que pueda dar lugar a la traducción, otro de los procesos básicos del dogma. Y espero que no tardemos mucho en verlo.

[En la primera mitad del video tenemos la transcripción, con la doble cadena de ADN (roja) a la que se van añadiendo las proteínas del complejo de iniciación de la transcripción. Tras su activación, la ARN polimerasa II (complejo azul) inicia su recorrido a través del ADN, capturando los nucleótidos necesarios de su entorno y enlazándolos en el ARNpre-m (amarillo), que se libera cuando la enzima alcanza la secuencia de terminación. A su salida del núcleo, tendrá la lugar la traducción]

[Previo:: El dogma central de la biología molecular: introducción]

On Air

[Pink Floyd | The Final Cut]
Una rapidita para acompañarte unos minutos. Si quieres.



Through the fish-eyed lens of tear stained eyes
I can barely define the shape of this moment in time
And far from flying high in clear blue skies
I'm spiraling down to the hole in the ground where I hide.

If you negotiate the minefield in the drive
And beat the dogs and cheat the cold electronic eyes
And if you make it past the shotgun in the hall,
Dial the combination, open the priesthole
And if I'm in I'll tell you what's behind the wall.

There's a kid who had a big hallucination
Making love to girls in magazines.
He wonders if you're sleeping with your new found faith.
Could anybody love him
Or is it just a crazy dream?

And if I show you my dark side
Will you still hold me tonight?
And if I open my heart to you
And show you my weak side
What would you do?
Would you sell your story to Rolling Stone?
Would you take the children away
And leave me alone?
And smile in reassurance
As you whisper down the phone?
Would you send me packing?
Or would you take me home?

Thought I oughta bare my naked feelings,
Thought I oughta tear the curtain down.
I held the blade in trembling hands
Prepared to make it but just then the phone rang
I never had the nerve to make the final cut.

Señoras y señores: Richard Bona

[Suninga | Algo así como: ¿cuándo?, o ¿qué día?]



Na kati mindongo na kata weya
ewo beba na buma mabembe
ngeda bosso neni no owa mbale
na i wedi dimbea oa muto o wenge
na sibi neni na mende no o bola muto

Suninga muna o
Suninga

na kusi bebango jita
o muwaso mwa guta longo
Keka so na le nene a numi muna muto
bunya bo
Nai wedi dimbea oa

Na titi pona
Mo na poi o jene oa
To nguea na si bi pon
ni male o mboa ngo mbale
Na si bi neni na mende no o bola
Muto

Na tondo oa na ngiya e si be dimene
Mo ye nde neni
Keka so na lene ne

I went through mountains and fire
I couldn't hold my tears
I still remember the very first time
I saw you girl
I don't really know what to do...

On which day, Baby, on which day?

I've been hurt so hard
...
Please I'd like to meet you again one day
I can't stop thinking of you...

I'm not able to come and meet you
The truth is, I don't know the way
That leads to your home, girl
I really don't know what to do...

My love for you is greater than everything
Please, make sure we could meet some day...

[La letra y la traducción se las debemos a los partícipes del web forum de www.bonatology.com (el propio Bona y Boukesse)]

Britannica, Encarta, Wikipedia

Hace unos cuantos años mi hermano me regaló su anterior edición de la Encyclopaedia Britannica, aprovechando que había adquirido una actualización. La tengo aquí al lado. Los treinta y tantos tomos de la Britannica que me han acompañado en los últimos quince años corresponden a la decimoquinta edición (creo que sigue siendo la última), de finales de los 80, y tengo actualizaciones hasta el 93.

Ya apenas la consulto. Está desfasada, y su indexación y su manejo son incómodos ahora, en la era del hipertexto e Internet. Y encima está dedicada a Ronald Reagan y a la reina Isabel II.

El seísmo digital, sin pausa pero con prisa, está acabando en un suspiro con más de doscientos años de históricas ediciones en papel. Pero, de cuando en cuando, no puedo evitar (mi padre, mi hermano y Borges tienen la culpa) coger un volumen cualquiera. Me agrada el tacto de sus tapas, la textura del papel. La tipografía, moderna aún después de veinte años. ''First edition 1768'', dice. Y me dejo perder en el agradable olor que han ido adquiriendo sus páginas.

Ahora, dieciséis años después de su primera edición (1993, justo el año hasta el que tengo actualizaciones de la Britannica), echa el cierre Encarta, la enciclopedia digital de Microsoft. Aunque con muy diferentes presentaciones, que aprovechan la flexibilidad de los formatos digitales, es un modelo de negocio semejante al de la actual Britannica Online: pagas por acceder al conocimiento. Y ya quedan pocos que estén dispuestos a pagar por algo cuando pueden obtenerlo gratis.

Wikipedia ha alcanzado importantes niveles de difusión de conocimiento tanto en cantidad como, aún más importante, de calidad. Y lo está haciendo a pesar de las anecdóticas dudas que generan algunas modificaciones de contenido mal intencionadas. Su autoregulación (bibliotecarios y colaboradores que revisan todas y cada una de las nuevas entradas y modificaciones) está llegando a unas cuotas de eficiencia que hacen difícil la permanencia de los vandalismos que a menudo practican los graciosillos de turno. Pero, como en toda obra, algunos defectos perduran y son los que aparecen de vez en cuando en los medios. No son relevantes en comparación a la magnitud del trabajo hecho y, además, todas las enciclopedias están sujetas a errores.

Hace ya muchos años que me sirvo de los artículos de Wikipedia en el trabajo, en los estudios, o para cualquier duda de la vida cotidiana. Y hace un año comencé a escribir y a traducir algunas cosas en la Wikipedia en castellano. Por diferentes motivos hace meses que sólo puedo revisar los artículos que tengo en seguimiento, pero puedo dedicar algo de tiempo a este blog, que requiere un trabajo mucho menos riguroso que el de la Wikipedia. Y, ¿cuál será el modelo de difusión del conocimiento que sustituirá al de Wikipedia? Uno descentralizado, supongo, basado en documentos casi personales diseminados por toda la red. O quizá no.

Y recuerda: el conocimiento libera; libera el conocimiento. (¿Nadie había dicho esto antes;-)?)